Protokoll er et skriftlig dokument som settes opp i forbindelse med forhandlinger, og som beskriver forhandlingenes forløp og resultater, eventuelt også supplerer og utfyller en overenskomst eller avtale. Et eksempel på en slik avtale er Protokoll om miljøvern til Antarktistraktaten av 4. oktober 1991.

Protokoll er formater og fremgangsmåte som kreves for å få datamaskiner til å kommunisere. Protokollen gir regler for dataformat, sending og mottak av data, timing, feilsjekking og datakomprimering. En protokoll kan implementeres både i programvare og maskinvare.

Etymologi av proto-, egentlig ‘første blad i papyrusrull’ referat eller referatbok, for eksempel fra generalforsamlinger eller styremøter dokument som beskriver diplomatiske forhandlinger og resultater etiketteprotokoll som beskriver alt som har å gjøre med høytidelige former, særlig på kongehusets og utenriksvesenets område